ここんとこ聞かれる質問にこんなのがありました。

　「会社から平成28年分の扶養控除申告書にマイナンバー記載するよう
　　言われてるんだけど、通知カードが届かない。どうすればいいか？」

これね。
結論から言うと、
今書かなくても大丈夫。

となります。

というのはですね。

マイナンバーは国に提出する書類に記入します。
ところが、この扶養控除申請書は、
特に要求されない限り、提出する必要はありません。
（【提出時期】の注　参照）

要求された時のために、
1月中には、会社はマイナンバーを把握しておく必要はありますが、
年末調整の段階では、書いてなくても問題は起きません。

それに、記入しちゃたら
取扱者として指定された人以外は、
もう本人に見せることもできなくなります。

実務上は
　・扶養控除申告書にはマイナンバーを記入しておかない
　・従業員と扶養家族のマイナンバーは別途保管しておく
　・提出要求があったら、記入して提出
この形の方が管理しやすいと思います。

もし、会社がどうしても集めると言うなら
自治体窓口で、マイナンバー入りの住民票が取得できます。
通知カードが届かない場合は、それで対処しましょう。